De afdeling Experimentele chirurgie van het AMC onderzoekt aandoeningen van maag, darm en lever; test nieuwe apparaten en onderwijst specifieke chirurgische procedures en technieken. De activiteiten vinden plaats in het Chirurgisch laboratorium. In het laboratorium wordt fundamenteel wetenschappelijk onderzoek uitgevoerd, dat in het verlengde ligt van de onderscheidende specialismen van het AMC: de gastro-intestinale (maag-darmkanaal) en de hepatopancreatobilaire (lever, galweg, alvleesklier) chirurgie.

In tegenstelling tot klinisch onderzoek, waarin patiënten het onderwerp van het onderzoek zijn, richt fundamenteel wetenschappelijk onderzoek zich meer op de basismechanismen van ziekten. Bij de Experimentele chirurgie staat ook deze vorm van onderzoek dicht bij de patiënt, daar de onderzoeksvragen worden gegenereerd aan het bed van de patiënt terwijl de uitkomsten van het onderzoek direct kunnen worden vertaald naar een toepassing bij die patiënt.

Bij de afdeling Experimentele Chirurgie zijn acht onderzoekers, drie biotechnici, twee analisten en een postdoc (onderzoeker die gepromoveerd is) werkzaam.